早在4世纪初年，罗马帝国以天主教为国教之後，帝国皇帝偶尔就颁布反对异端的法令。那个时代有些主教，如圣奥斯定（Sant'Agostino）和圣若望'金口'（San Giovanni Crisostomo），也接受反异端的法律，不过他们反对判处异端者死刑。虽然有这些压制异端的法律存在，可是一般而论，教会对使用暴力来对付异端的作法很表示怀疑，而且有所保留。直到中古世纪初期，还没有听过有异端者遭处死的例子，顶多只是监禁而已。
当时欧洲某些地方也发生类似的事件，有些地方的主教就反对把异端者处以死刑。比利时列日教区的主教沃森（Wason）在公元1045年曾写信给法国沙隆（Chalons）教区的主教说：“我们没有得到权力，用现世的刀剑夺去那些我们的创造者和救赎主愿意让他们活下来，以便脱离魔鬼围困的人的生命。那些今天在上主的道路上与我们作对的人，因着天主的圣宠，将来在天国也能成为我们的长上…。我们蒙召作主教的人，我们受天主傅油不为叫人死亡，而是为给以生命”。圣伯尔纳多（San Bernardo di Clairvaux）关于公元1144年德国科隆异端者的事件强调：首先应该说服他们，可是如果开除教籍还不够，才需要使用暴力，以便保存上主的葡萄园免於狐狸的破坏。
就在圣伯尔纳多那个时代，有意大利“卡马尔多利”（Camaldoli）隐修会着名的隐修士，法学家格拉齐亚诺（Graziano），他在1140年写了一部“不协调法律之协调”（Concordia discordantium canonum或称Decreto di Graziano）的巨作，盛行一世。这位隐修士法学家综合协调过去所有的罗马法典法规，认为抵制异端有叁个步骤：首先，对异端者进行说服；其次，如果第一个方法行不通，则交给教会依照教会法典给以处分；最後，如果第二个途径也无效，则交给世俗的法律去处置。世俗的法律处置的办法是没收异端者的财物，或者加以刑罚，但没有明订处以死刑。公元1179年召开的罗马拉特朗第叁届大公会议把异端者分为两大类：一类是可以用精神的处分使之悔改皈依的；另一类是必须加以消除的，因为他们形成党羽。
为了探究事实，教宗还在1252年准许在审讯过程中使用拷问逼供的手段。异端者一旦被判刑，便交给世俗政权去执行刑罚，但是责任由教会肩负。教会为了良心平安的缘故，便在神学中寻找合法压制异端的理由根据，圣多玛斯．阿奎纳当时就为此工作。他在所着的巨作“神学大全”（La Somma teologica）中说：关于异端，必须想到两件事：“第一件是从异端而来的，那就是罪恶；第二件是存在教会内的，那就是怜悯。异端所破坏的是信德，那是灵魂的生命，所以异端远比伪造金钱以应付现世生活需要的罪行更为严重。如果伪造金钱和干犯其他罪行的人都立刻被国王处死，那麽异端者除了被开除教籍外，岂不更应该被处死。可是教会是怜悯的，它愿意叫误入歧途的人归正，所以并不立刻给人定罪，而是先给以第一次和第二次的警告，就像宗徒所教导的一样。经过两次警告後，如果异端者执迷不悟，规劝无效，教会为了拯救其他人的灵魂，只好将他开除教籍，使他离开教会，把他交给民间世俗的权威去处死。”
